Dengan ini, UIN Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda, yang disebut sebagai UINSI Samarinda telah menjadi Universitas Islam Negeri pertama di Kalimantan Timur dan Kalimantan Utara dengan mewujudkan Kampus Hijau, Unggul dalam Pengembangan Masyarakat serta Kampus yang menerapkan Filosofi Sarang Lebah Madu dengan integrasi keilmuan berlandaskan Spiritualitas, Intelektualitas, dan Profesionalitas yang diamalkan secara Ikhlas, Cerdas, dan Tuntas.
Dari tiga komponen yaitu sarang, lebah, dan madu mempunyai makna secara filososfis, yaitu:
1. Sarang menggambarkan bentuk diagonal melambangkan dari sisi 6 keilmuan yaitu Ushuluddin (Humaniora), Dakwah dan komunikasi (sosial), Tarbiyah (pendidikan), Syari’ah (Hukum), Ekonomi dan bisnis, serta sains dan teknologi yang menjadi basic keilmuan yang ada di UIN-SI. Begitu pula antara masing-masing diagonal tadi saling melekat antara satu dengan yang lainnya sebagai interkoneksi keilmuan dan mempunyai ruang yang berbeda namun menjadi sebuah bentuk bangun kesatuan. Dalam hal ini bahwa keilmuan yang ada di UIN-SI nantinya akan diintegralkan melalui sebuah konsep sarang lebah madu ini.
2. Lebah merupakan hewan yang mempunyai 3 komponen struktur tubuh dari sisi eksternal, yaitu kepala, dada dan perut. Dalam perutnya lebah menyimpan madu dan racun, keduanya terpisah. Hal ini membuktikan bahwa keburukan dan kebaikan tidak pernah bisa bersatu, kebaikan ila al-yaumi al-kiyamah tetap menjadi kebaikan dan kebaikan sangat mudah dikenali oleh manusia. Sedangkan pada hal yang lain keutamaan lebah mampu mencari makan dengan menempuh jarak yang sangat jauh serta mampu kembali ke sarang untuk memproduksi madu tersebut. Dalam mencari makan atau proses untuk menghisap nektar pada bunga, ia tidak pernah merusak ranting maupun bunga tersebut atau bisa dikatakan ia mampu menyeimbangkan dirinya pada apa yang ia pijak tanpa menyakiti sekelilingnya. Hal ini dimaknai bahwa proses belajar atau penggalian keilmuan di kampus UIN-SI nantinya mampu membuka cakrawala (worldview) sejauh mungkin dan mampu menelusuri keilmuan untuk diproses dan dikembangkan di kampus serta dalam proses penggalian ilmu tersebut tidak ada pihak yang dirugikan atau hasil atas keilmuan tersebut bersifat Tawasuth, Tasamuh, Tawazun dan Ta’adul serta mempunyai tujuan sebagaimana untuk kemajuan keilmuan dan juga mengedepankan tujuan syari’at (al-maqashid al-syari’ah).
3. Madu yang dihasilkan lebah mempunyai rasa manis dan mempunyai khasiat luar biasa seperti untuk pengobatan serta bisa dikonsumsi oleh seluruh umat dan tidak ada efek sampingnya. Diharapkan keilmuan yang ada pada UIN-SI bisa menjadi sebuah obat (solusi) atas persoalan-persoalan di tengah masyarakat Kalimantan Timur dan sekelilingnya, serta bisa dinikmati oleh semua golongan.
Dari makna filosofis tersebut bisa dikatakan bahwa konsep keilmuan yang ada di UIN-SI mengusung filosofis keilmuan yang:
1. Mengitegralkan antara ilmu agama dan sains atau ilmu modern yang nantinya untuk menumbuh dan kembangkan sebuah keilmuan sehingga tidak adanya dikotomi keilmuan;
2. Menjadikan Sarang Lebah Madu sebagai bangun keilmuan yang nantinya Sarang (pada sisi-sisinya) menggambarkan sebagai interkoneksi antara keilmuan-keilmuan yang ada di fakultas, Lebah sebagai metodologi kajian keilmuan yang mampu membuka worldview yang luas dalam memandang sebuah pengetahuan, dan Madu sebagai hasil atau sari dari keilmuan yang telah di validasi keabsahannya dan bisa dikonsumsi oleh khalayak; dan,
3. Sebagai pusat kajian peradaban ilmu keislaman yang secara aspek metodologi sangat mengutamakan literasi-literasi maupun khazanah keilmuan Islam (klasik) dan modern sebagai proses penggalian keilmuan yang secara luas dan mendalam sehingga membuahkan hasil yang bisa dinikmati oleh semua golongan masyarakat luas tanpa adanya diskriminasi maupun intoleransi atau tidak ada pihak yang dirugikan.